天平13年（741年）、聖武天皇が発した国分寺建立の詔により諸国に建てられた国分寺の一つ。寺伝では行基が自ら薬師如来を刻んで開基し、聖武天皇から釈迦如来像と大般若経、光明皇后の位牌厨子が納められたと伝わっている。当初は法相宗の寺院として七堂伽藍を有する大寺院であった。弘仁年間（810 – 824年）に空海（弘法大師）が巡錫した際に真言宗に改宗したとされる。
史実としては、正確な成立過程は不明であるが、『続日本紀』に天平勝宝8年（756年）、聖武天皇の周忌に際し、阿波国を含む26か国の国分寺に仏具等を下賜したとの記載があり、遅くともこの頃には完成していたことがわかる。
天正年間（1573 – 1592年）土佐の長宗我部元親率いる軍の兵火によって焼失。長らく荒廃していたが、寛保元年（1741年）に徳島藩主蜂須賀家の命により郡奉行速水角五郎が復興にかかり、丈六寺の吼山養師和尚が再建したことから宗派も現在の曹洞宗となった。

（Wikipedia阿波国分寺より引用）